Etwas versteckt hinter dem Café und neben dem Drususstein auf der Zitadelle befindet sich im Bau D bereits seit dem Jahr 2003, dennoch fast noch ein Geheimtipp, das Stadthistorische Museum. Neben einem Überblick über die gesamte Mainzer Geschichte präsentiert es schwerpunktmäßig in sozial- und wirtschaftsgeschichtlicher Ausrichtung Exponate aus dem Alltag des 19. und 20. Jahrhunderts, die bei Besuchern häufig Reaktionen der Wiedererkennung und Erinnerung auslösen. Neben einem Raum für jährlich wechselnde Sonderausstellungen ist der jüdischen Geschichte von Mainz ein eigener, eindrucksvoll gestalteter Bereich gewidmet. In Ergänzung zu den Ausstellungen finden regelmäßig Veranstaltungen statt, die recht gut besucht sind: Vorträge, Lesungen ernster und heiterer Natur, Buchpräsentationen, Konzerte u.a. Die bisherigen Sonderausstellungen „Mainzer Biedermeier-Möbel“ (2009), „Mainz. Außenansichten – Innenansichten“ (2010), „Schellack in Mainz“ (2011), „Geschichte des Bierbrauens in Mainz“ (2012), „Mainzer Brezel“ (2013), „Die Entwicklung der Mainzer Orchesterkultur“ (2014), „Es ist bald wieder gut…? Mainz 1945-1962“ (2015) und „Mainz und der Wein. Die Geschichte einer engen Beziehung“ (2016) stießen auf großes Interesse. Ab dem 22. Oktober 2017 ist eine Ausstellung zu den Auswirkungen des Ersten Weltkrieges an der Mainzer „Heimatfront“ zu sehen.
Da die Stadt sich nicht in der Lage sah und sieht, die Trägerschaft zu übernehmen, hat sich im Jahr 1996 der Förderverein Stadthistorisches Museum Mainz e.V. konstituiert, der dann im Jahr 2000 die Gründung eines kleinen, anfangs sehr beengt im Haus zum Stein untergebrachten Museums zustande brachte. Von Anfang an bis heute ist das ehrenamtlich tätigen Mainzer Bürgerinnen und Bürgern zu verdanken, allen voran dem Apotheker Hermann Stefan Keller und in unermüdlicher Aktivität Frau Dr. Hedwig Brüchert, in enger Kooperation mit dem Institut für Geschichtliche Landeskunde an der Universität Mainz. Die Stadt unterstützt das Museum und stellte 2003 einen Teil des Baues D auf der Zitadelle zur Verfügung. Die dort vorhandenen Räume reichen auf die Dauer allerdings nicht aus, das Museum platzt aus allen Nähten. Angesichts der wahrlich überregional bedeutenden Geschichte der Stadt über Jahrhunderte hinweg hätte das Museum ein großzügiges und zentral gelegenes Domizil verdient.
Der Verein hat im Jahr 2000 die Trägerschaft des Museums übernommen, die in der Zukunft an die 2013 gegründete Stiftung Stadthistorisches Museum Mainz übergehen soll. Der Verein bemüht sich intensiv um Mitglieder, die Stiftung um Zustifter. Und damit nicht genug: Die regelmäßigen Öffnungszeiten an den Wochenenden werden durch das Engagement einer Reihe von Ehrenamtlichen ermöglicht, die aber dringend Verstärkung benötigen. Wem die Mainzer Geschichte am Herzen liegt, wer sich als Mitglied oder Sponsor Verdienste erwerben will oder wer sich einem freundlichen und interessierten Kreis von kulturell Interessierten anschließen möchte, ist herzlich eingeladen, sich am weiteren Ausbau des stadthistorischen Museums zu beteiligen!